U par dana nakon njemačkog napada u travnju 1941. nestaje Tamnica naroda nazivana Kraljevina Jugoslavija. Dne 10. travnja 1941., stvorena je Nezavisna država Hrvatska, koja je bila priznata od 86 država.

U daljnjem tekstu prenosimo govor arhiepiskopa Aleksandra:

U zemlji u kojoj je teško ratno stanje zbog stalnih napada dviju vrsta partizana, koji žele srušiti hrvatsku državu – komunističkih, koji se bore za buduću komunističku Jugoslaviju i monarhofašističkih, nazivanih četnicima, koji se bore za Kraljevinu Jugoslaviju. Tada laički predstavnici pučanstva Petar Lazić, Teodor Vukadinović, Dušan Jakić i predstavnik crkve ruski svećenik gruzijskog podrjetla Vasilij (Vaso) Šurlan podastiru ministarstvu pravde i bogoštovlja zahtjev za registraciju Crkve, u skladu sa zakonima hrvatske države i kanonima Pravoslavne Crkve, u ime pravoslavne crkvene općine grada Zagreba.

Dne 3. travnja 1942. donesena je zakonska odluka o osnivanju samostalne Hrvatske pravoslavne crkve. Na čelo osnivačke komisije postavljen je Miloš Obrknežević, bivši pravni savjetnik Patrijarhije Autokefalne ujedinjene SPC Kraljevstva SHS, a nakon toga tajnik Mitropolita Germogena.

Evo kako je u svom izvješću predsjedniku bugarske vlade bugarski veleposlanik u Zagreb Mečkarov govori o prvoj liturgiji obnovljenoj HPC održanu 5 travnja 1942: „ … mediji su izvijestili da će se u pravoslavnoj crkvi u Zagrebu služiti povodom Uskrsa. I stvarno, već na Veliku subotu, pravoslavna crkva u Zagrebu, koja je do sada bila zaključena (otvarana je samo dva puta – za potrebe našeg veleposlanstva – u povodu Uznesenja 3. listopada i rođendana njegovog Veličanstva Cara, 30. siječnja), bila otvorena i počeo je služiti svećenik Vaso Šurlan – iz Zemuna, čije se ime spominje već dan prije u novinama povodom objavljivanja zakona o uspostavi Hrvatske pravoslavne crkve. Na uskrsnoj službi prisustvovao sam ja kao i članovi izaslanstva. Crkva je bila puna vjernika. Uzbuđenje mnogima doseglo je takvu razinu da su započeli plakati. Sam svećenik, uzbuđen, održao je govor u kojem je napravio dosta aluzije, kao što je, na primjer, ovo za „odmetanje” od kršćanstva, progon koji je pretrpjelo Kristovo učenje, ali izrazio je uvjerenje da ide na bolje. U „prijenosu” Šurlan jе spomenuo ime Poglavnika, drhtavo, molitvu za „državnog vođu Antu.”

Vrijedi napomenuti da je na isti datum i Katolička crkva slavila Uskrs što je bilo znakovito i išlo je na ruku zagovaratelja ujedinjenja hrvatskog naroda pa tako je u Hrvatskoj unatoč ratnom stanju, zavladao euforični optimizam.

U svibnju 1942. arhiepiskopa Germogena, koji se u tom času nalazio u manastiru Hopovo, hrvatske vlasti zovu na sudjelovanje u prethodnim pregovorima o uspostavi Hrvatske Pravoslavne Crkve i njenog ustava. Tim povodom, u svom pismu mitropolitu Anastasiju (RPCZ), on je među ostalim napisao da ništa nekanonsko ne čini u odnosu na bratsku Srpsku pravoslavnu crkvu.

U međuvremenu je Mitropolit Germogen zatražio i dobio odobrenje za obnavljanje HPC od Ruskog patrijarha Sergija preko ruskog svećenika Mihaila Vinogradova, koji je tada bio u Beču.

Mitropolit Germogen 29. svibnja 1942. stiže u Zagreb i tu sudjeluje u radu spomenutoga savjetovanja. Ovdje se susreće i s predstavnicima vjernika iz redova ovdašnje ruske kolonije. U tom času on doznaje u kakvom se teškom položaju našlo ovdašnje pravoslavlje te je i to pridonijelo njegovoj odluci u vezi s prihvaćanjem poglavarstva nad Hrvatskom Pravoslavnom Crkvom. Tada je, kako potvrđuje Miloš Obrknežević koji je predvodio pregovore sa Srpskom Pravoslavnom Crkvom, patrijarh Gavrilo Dožić dao svoju suglasnost arhiepiskopu Germogenu da stane na čelo Hrvatske Pravoslavne Crkve u dostojanstvu mitropolita, ali se i kategorički pritom usprotivio uspostavi patrijarhije rekavši da će se o tomu raspravljati po završetku rata. Vrativši se u manastir Hopovo, arhiepiskop Germogen prima vijest o suglasnosti patrijarha Gavrila i tek tada odlučuje prihvatiti poziv hrvatskih vlasti da stane na čelo Hrvatske Pravoslavne crkve.

Hrvatska pravoslavna crkva dobila je priznanje i od Bugarske pravoslavne crkve i Rumunjske pravoslavne crkve, s kojima potpisuje ugovore o suradnji. Bila je priznata i od Mađarske pravoslavne crkve za čije je potrebe mitropolit Germogen rukopolagao svećenike.

Dne 27. srpnja 1942. mitropolit Germogen preko hrvatskog Ministarstva vanjskih poslova dobio iz Carigrada kanonsko priznanje od Carigradskog patrijarha Veniamina.

Da je HPC priznata od Carigradske patrijarhije govori sam Patrijarh Germogen na drugom ispitivanju koje je obavljeno 20. lipnja 1945. na zahtjev Mitropolita Josifa, zamjenika srbijanskog patrijarha.

Srbijanski „povjesničari” govore kako su institucije crkve, onih koji su ušli u novu crkvu 1920., faktički djelovale kao samostalne do 1931.! Samo 11 godina kasnije (1942.) sve pravoslavne crkve, koje su prije priznavale HPC (tada Karlovačka arhiepiskopija) samo su potvrdili da su primili na znanje da je u obnovljenoj hrvatskoj državi obnovljena i hrvatska pravoslavna crkva.

Oglasuje se i Centralni komitet Komunistiške partije Hrvatske (1942.) : „HPC je prjevara, a svećenici, koji su je priznali su izdajce”. Ova odluka postaje smjernica za odnos prema HPC, koji još uvijek vrijedi.

Trećega lipnja 1942. održano je službeno prihvaćanje ustava Hrvatske pravoslavne crkve, a 5. lipnja 1942. na temelju ustava i zakona arhiepiskop Germogen biva imenovan za čelnika HPC u dostojanstvu Mitropolita zagrebačkog i cijele Hrvatske Pravoslavne Crkve.

U svom pismu patrijarhu Rumunjske Pravoslavne Crkve Nikodimu, Mitropolit Germogen je napisao: “Voljom božjom moja skromnost je prizvana da stane na čelo HPC. U vremenu velikih kušnji, koje su se obrušile na čast svetoga pravoslavlja, meni je bilo suđeno napustiti tišinu manastirske osame, prihvatiti se ove dužnosti koju sada obnašam, latiti se kormila Pravoslavne Crkve i skupljati djecu njenu u jedno stado, po riječima njena osnivača Gospoda Isusa Krista, uspostavljati mir i blagostanje, ljubav i pravovjerje pravoslavlja u Hrvatskoj, gdje je vihor svjetskoga rata uskolebao i uzburkao pravoslavlje te proizveo rastrojstvo, obeščašćenje i potpuno bezumlje“.

Svojim dubokopravoslavnim duhom crkvenog bratoljublja vladika Germogen uspio je okupiti svećenstvo. Za kratko vrijeme 80 osoba u crkvenoj službi prišlo je obnovljenjoj Crkvi, koja je u tom trenutku imala 55 stalnih i l9 privremenih općina. Mnogi od njih do l9l8. prebivali su unutar jurisdikcije Karlovačke Mitropolije (koja je bila kanonski priznata Hrvatska pravoslavna crkva), drugi su pripadali Carigradu. Očigledno, oni su proveli svoj izbor u l942., pobuđeni kršćanskim načelima – očuvanja pravoslavlja u pastve koja im je tada bila povjerena. Oni su pritom slijedili primjer Mitropolita Germogena, smatrajući ga vjerodostojnim hijerarhom.

Dne 6. svibnja 1945.(Uskrs) Mitropolit Germogen je svečano ustoličen za Patrijarha Hrvatske pravoslavne crkve.

Dva dana kasnije, 8. svibnja 1945. Njemačka kapitulira i njeni saveznici smatraju da je to kraj II. sv. rata u Europi. Vojska NDH, koja je bila u ratu sa Velikom Britanijom ali ne i sa SSSR-om, kreće prema Austriji da bi se predala Osmoj britanskoj Armiji. Morali su to učiniti jer su znali da su Britanci potpisali Ženevsku konvenciju o pravima ratnih zarobljenika, a SSSR – nije. Kako u Zagrebu više nema vojske, tako u njega ulaze komunističke bande podređene J. B. Titu i započinju aristocid i genocid: masovno ubijanje „narodnih neprijatelja” i pljačkanje njihove imovine, naravno sve pod pokroviteljstvom SSSR-a i uz izravnu dozvolu maršala Tolbuhina, zapovjednika III. Ukrajinskog fronta, pod čijom je okupacijom teritorij bivše monarhofašističke Jugoslavije i novonastale države na njemu. Oni drugi antifašisti – Britanci, zanemaruju Ženevsku konvenciju i šalju razoružanu hrvatsku vojsku i ogroman broj civilnih izbjeglica (U svojoj novoj knjizi o Bleiburgu Ante Beljo objavljuje britanski dokument po kojem su se Britancima predali 200 000 vojnika i 500 000 civila) natrag u sovjetsku zonu svom miljeniku Titu. Na ovaj način svi antifašisti (i komunistički i kapitalistički) zajednički sudjeluju u ubijanju više od pola milijuna Hrvata (izvor: Aleksandar Ranković, ministar unutarnjih poslova Jugoslavije) nakon završetka rata, što je zapravo desetkovanje (decimacija) hrvatskog naroda.
Ulaskom komunističke JNA u Zagreb i uspostavom nove vlasti 9. svibnja 1945., HPC je faktički prestala djelovati, a patriarh Germogen je bio uhićen i pritvoren. Istraga nije trajala dugo jer je već 29. lipnja 1945. održano prvo (i zadnje) suđenje pred Vojnim sudom Komande grada Zagreba pod predsjedanjem kapetana Vlade Ranogajca, čije ime u Zagrebu i dan danas nosi jedna ulica na Jarunu.

Tada se sudilo na temelju Uredbe o vojnim sudovima, jer novi kazneni zakonik još nije postojao. Nije bilo moguće prekršiti kazneni zakon koji nije postojao.

Patrijarh Germogen je bio proglašen krivim jer „je primio položaj, ime i naslov mеtropolita zagrebačkog i patrijarha tzv. Hrvatske pravoslavne crkve, kako bi se razbilo jedinstvo srpskog naroda u Hrvatskoj”.

Presuda koja se odnosi na osuđene zbog sudjelovanja s Hrvatskom pravoslavnom crkvom pokazuje da su novi komunistički vlastodržci posebnu pažnju posvećivali hrvatskim pravoslavnim svećenicima optužujući ih zbog kršenja Ustava Srpske pravoslavne crkve (kojoj oni nisu pripadali), a kad bi to čak i bila istina, za to ne može suditi svjetovni, čak vojni sud, koji kažnjava hrvatske pravoslavne svećenike jer su se zamjerili Pravoslavnoj crkvi Srbije. Niti u Ustavu SPC ne postoji smrtna kazna za bilo koji prekršaj. Već sama činjenica da Vojni sud sudi tzv. “otpadnicima“ jedne Crkve, od kojih nitko nije djelovao na teritoriju Srbije, pokazuje svu absurdnost komunističkog pravnog sustava, to više što nisu čak niti bili optuženi za ikakvi ratni zločin, već se kao zločin proglašava samo postojanje kršćanske crkvene organizacije HPC i svrstava ju načelno među zločinačke organizacije jer je postojanje samostalne pravoslavne crkve dokaz za nezavisnost hrvatske države što je kao i sama hrvatska država smetalo jugoslavenskim komunistima.

U noći s 29. na 30. lipnja 1945. ubijeni su Sv. Patrijarh Germogen, Sarajevski episkop Spiridon Mifka (obješen u Sarajevu), svo svećenstvo HPC i mnoštvo pravoslavnih vjernika. Posmrtni ostatci onih koji su streljani u Zagrebu, spaljeni su u jednoj peći koja se tada nalazila u Palmotićevoj ulici.

Popis dio ubijenih svećenika i vjernika:
Svećenici:
1. Patrijarh Germogen Maksimov
2. Sarajevski episkop Spiridon Mifka
3. Protojerej Evgenij Jaržemskij
4. Protojerej Aleksandar Volkovskij
5. Protojerej Serafim Kupčevskij
6. Protojerej Anatolij Paradiev
7. Protojerej Cvetin Čović
8. Protojerej Risto Babunović
9. iguman Miron Federer – nije
10. jerej Joco Cvijanović
11. jerej Vasilij Jurčenko
12. jerej Pavel Kozarski
13. jerej Dmitrij Mrihin
14. jerej Sevastijan Perić
15. jeromonah Amvrosij Veselinović
16. jeromonah Rafail Stanivuković
17. jeromonah Vlasmin Pavlovskij
18. jeromonah Venjamin Radosavljić
19. jeromonah Mihail Milogradskij
20. jeromonah Dimitrij
21. jeromonah Ivan Mračkovski
22. jeromonah Evgenij Pogorečkij
23. jeromonah Petar Popov
24. jeromonah Bogdan Popović
25. jeromonah Nikolaj Semčenko
26. jeromonah Petar Stefanović
27. jeromonah Sergij Selivanovskij
28. jeromonah Ljubomir Svrtilić
29. jeromonah Emilijan Šimatović
30. arhiđakon Aleksej Borisov
Ne postoji sačuvani vjerodostojni izvor s popisom imena svih svećenika, niti popis ubijenih monahinja. Jedno je sigurno – svi su ubijeni.

Vjernici (laici) – Petar Lazić (predsjednik zagrebačke crkvene općine), Aleksandar Kosmajenko (dirigent crkvenog zbora), S. Fjodorov, A. Dirin, V. Čižov… Ministar Savo Besarović i general Gjuro Grujić – zapovjednik glavnog stožera vojske NDH u Beogradu, osuđeni su na smrt i streljani. Od sveukupno 132 generala u vojsci NDH bilo je 10 hrvatskih pravoslavaca i pravoslavni državljani su proporcionalno sudjelovali u hrvatskoj vojsci (domobranstvo, kasnije Hrvatske oružane snage – HOS).

Ako je itko preživio poslijeratni komunistički teror, to je bilo slučajno.

To je pravo stradanje zbog vjere – HOLOKAUST.

Patrijarh Germogen jedini je poglavar jedne autokefalne crkve ubijen u doba Drugog svjetskog rata, a HPC jedina je crkva u svjetskoj povijesti uništena na ovaj način – ubijanjem cijelog klera i dio vjernika.

Evo kako je sv. Patrijarh Germogen upozoravao o opasnosti koja svijetu prijeti od svetosavlja i bezbožnog komunizma u Uskrsnoj poslanici ( 6 svibanj 1945):

„Čuvajte se, djeco moja duhovna onih, koji vam se u svećeničkoj odjeći obraćaju umjesto sa križem – sa krvavim nožem i oružjem u rukama, jer oni ne ratuju za Hrista već za nečastivog, oni se trude da vas sablazne i da otruju duše vaše!

Čuvajte se svih onih koji govore o slobodi pod crvenom zvijezdom, jer tamo slobode nema, tamo je samo patnja i nesreća. U njihovom privremenom carstvu vlada samo jedna sloboda – huljenje na Boga Svedržitelja, Njegovog Uskrslog Sina i Duha Svetoga.”

HRVATSKI ARHIEPISKOP †ALEKSANDAR